Thống nhất tên gọi của một số đơn vị thuộc Bộ có thay đổi so với Nghị định cũ:
- Đơn vị thay đổi tên gọi:
+ Vụ Tài chính- Kế toán đổi thành Vụ Tài chính;
+ Vụ Pháp chế và Vận tải đổi thành Vụ Pháp chế;
+ Vụ Quan hệ Quốc tế đổi thành Vụ Hợp tác Quốc tế;
+ Vụ Tổ chức cán bộ và Lao động đổi thành Vụ Tổ chức cán bộ;
+ Cục Hàng không Dân dụng Việt nam đổi thành Cục Hàng không Việt nam;
+ Trung tâm Thông tin khoa học kỹ thuật GTVT đổi thành Trung tâm Tin học.
- Đơn vị mới được thành lập:
+ Vụ Vận tải (trên cơ sở chuyển một phần nhiệm vụ từ Vụ Pháp chế và Vận tải (cũ) sang).