Theo Nghị định chế độ chế độ phụ cấp công vụ được áp dụng từ ngày 01/5/2012 đối với cán bộ, công chức, người hưởng lương hoặc phụ cấp quân hàm từ ngân sách nhà nước làm việc trong các cơ quan của Đảng Cộng sản Việt Nam, Nhà nước, tố chức chính trị - xã hội ở Trung ương, ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, ở huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, ở xã, phường, thị trấn và lực lượng vũ trang.
Mức phụ cấp công vụ bằng 25% mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) hoặc phụ cấp quân hàm và được chi trả cùng kỳ lương hàng tháng nhưng không dùng để tính đóng, hưởng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế.
Cũng theo Nghị định này, thời gian không được tính hưởng phụ cấp công vụ, bao gồm thời gian đi công tác, làm việc học tập ở nước ngoài được hưởng 40% tiền lương theo quy định tại Khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14 tháng 12 năm 2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang; Thời gian nghỉ việc không hưởng lương liên tục từ 01 tháng trở lên; Thời gian nghỉ việc hưởng trợ cấp bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; Thời gian bị tạm đình chỉ công tác hoặc bị tạm giữ, tạm giam. Khi thôi làm việc trong các cơ quan của Đảng Cộng sản Việt Nam, Nhà nước, tổ chức chính trị - xã hội và lực lượng vũ trang thì thôi hưởng phụ cấp công vụ từ tháng tiếp theo.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/5/2012, đồng thời bãi bỏ Nghị định số 57/2011/NĐ-CP, ngày 7/7/2011 của Chính phủ về chế độ phụ cấp công vụ.