Theo đó, Thông tư hướng dẫn về chế độ quản lý, sử dụng, thanh toán, quyết toán Quỹ bảo trì đường bộ theo quy định tại Nghị định số 18/2012/NĐ-CP ngày 13/03/2012 của Chính phủ. Đối tượng áp dụng là các tổ chức, cá nhân liên quan đến việc quản lý, sử dụng Quỹ bảo trì đường bộ.
Về nội dung chi của Quỹ bảo trì đường bộ gồm: Chi bảo dưỡng thường xuyên; Chi sửa chữa định kỳ (gồm: sửa chữa lớn, sửa chữa vừa) đường bộ; Chi sửa chữa đột xuất (khắc phục hậu quả thiên tai, lụt bão hoặc các nguyên nhân bất thường khác để đảm bảo giao thông và an toàn giao thông); Chi quản lý công trình đường bộ do các tổ chức cung ứng sản phẩm dịch vụ công ích quản lý bảo trì đường bộ thực hiện; Chi hoạt động các Trạm kiểm tra tải trọng xe...
Để đảm bảo việc sử dụng Quỹ bảo trì đường bộ đúng mục đích, có hiệu quả, Bộ Giao thông Vận tải, Cơ quan Giao thông Vận tải địa phương, Hội đồng quản lý Quỹ có trách nhiệm phối hợp với cơ quan Tài chính cùng cấp thực hiện kiểm tra định kỳ, đột xuất tình hình quản lý, sử dụng Quỹ bảo trì đường bộ.
Trong quá trình quản lý, kiểm tra phát hiện các khoản chi không đúng chế độ, chi sai nội dung quy định tại Thông tư này và các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành; đều phải xuất toán thu hồi Quỹ; đồng thời cá nhân ra quyết định chi sai phải chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật.
Thông tư đã hướng dẫn cách lập, phân chia và giao kế hoạch thu phí sử dụng đường bộ trên đầu phương tiện giao thông cơ giới đường bộ cho Quỹ trung ương (Quỹ bảo trì đường bộ trung ương bảo đảm) và Quỹ địa phương (Quỹ bảo trì đường bộ địa phương bảo đảm).
Đối với phí thu từ xe ô tô: Hội đồng quản lý Quỹ trung ương lập kế hoạch thu, kèm theo thuyết minh chi tiết cơ sở tính toán; trong đó xác định phần trích để lại chi cho đơn vị tổ chức thu phí theo quy định; phần còn lại để chi quản lý bảo trì đường bộ được phân chia cho Quỹ trung ương 65% và các Quỹ địa phương 35%, trong đó chi tiết cho từng Quỹ địa phương (các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) gửi Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính.
Bên cạnh đó, Hội đồng quản lý Quỹ trung ương xem xét, phê duyệt kế hoạch thu và giao kế hoạch cho các đơn vị thực hiện; trong đó: phần trích để lại chi cho đơn vị tổ chức thu phí theo quy định, phần còn lại để chi quản lý bảo trì đường bộ được phân chia cho Quỹ trung ương 65% và các Quỹ địa phương 35%; quyết định phân chia 35% cho từng Quỹ địa phương.
Đối với phí thu từ xe mô tô, Hội đồng quản lý Quỹ địa phương xem xét, phê duyệt kế hoạch thu và giao kế hoạch cho các đơn vị thực hiện; trong đó: phần trích để lại chi cho đơn vị tổ chức thu phí theo quy định, phần còn lại để chi quản lý bảo trì đường bộ. Mức bổ sung từ Ngân sách Trung ương, Bộ Tài chính xem xét kế hoạch thu, chi tài chính của Quỹ để cân đối xác định phần chi bổ sung từ ngân sách trung ương cho Quỹ, để tổng hợp trong phương án phân bổ chi ngân sách trung ương trình các cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2013 và thay thế Thông tư Liên tịch số 10/2008/TTLT-BTC-BGTVT ngày 30/1/2008 của Bộ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải hướng dẫn chế độ quản lý, thanh toán, quyết toán kinh phí sự nghiệp kinh tế quản lý, bảo trì đường bộ.