Từ khi đi vào hoạt động, Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 5008D đã có nhiều đăng kiểm viên, lãnh đạo vi phạm quy định và bị xử lý với hình thức đình chỉ chức danh đăng kiểm viên. Tháng 9/2011, Trung tâm phải tạm ngừng hoạt động do nhân lực thiếu theo quy định tại Thông tư số 11/2009/TT-BGTVT.
Thu hồi Giấy chứng nhận hoạt động Trung tâm đăng kiểm 5008D
Từ khi bị tạm đình chỉ hoạt động đến nay đã quá 06 tháng, Trung tâm đã không khắc phục, bổ sung nhân lực theo quy định. Theo Quy định tại Quyết định số 45/2005/QĐ-BGTVT, ngày 22/06/2012, Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam đã ký Quyết định số 512/QĐ-ĐKVN ngày 22/06/2012 về việc đình chỉ hoạt động và thu hồi "Giấy chứng nhận hoạt động kiểm định" của Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 5008D.
Ngày 26/06/2012, Phòng Kiểm định xe cơ giới đã thông báo công văn số 1219/ĐKVN ngày 20/06/2012 của Cục Đăng kiểm Việt Nam về việc kiểm kê, thu hồi Hồ sơ phương tiện và Hồ sơ kiểm định do Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 5008D đã lập và quản lý. Đồng thời tổ chức kiểm tra, tiếp nhận và bàn giao toàn bộ Hồ sơ phương tiện và Hồ sơ kiểm định trên cho Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới mã số 5006V quản lý và giải quyết các yêu cầu của chủ phương tiện và lái xe liên quan đến các Hồ sơ phương tiện và Hồ sơ kiểm định do Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới 5008D đã quản lý.
Từ nay, các Đơn vị đăng kiểm trên toàn quốc khi kiểm định các xe do Trung tâm 5008D quản lý sổ có trách nhiệm thông báo cho chủ xe, lái xe đưa xe về Trung tâm 5006V để chuyển đổi Trung tâm quản lý Sổ trong lần kiểm định kế tiếp để hoàn thiện hồ sơ phương tiện theo quy định.