Hiện nay, một số cơ quan hải quan địa phương vẫn có cách thực hiện các thủ tục thông quan khác nhau đối với mặt hàng ôtô chở người dưới 16 chỗ ngồi nhập khẩu vào Việt Nam. Tổng cục Hải quan nêu rõ, khi làm thủ tục hải quan, người khai hải quan đối với mặt hàng ôtô chưa qua sử dụng dưới 16 chỗ ngồi phải nộp kèm giấy đăng ký kiểm tra chất lượng, an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường xe cơ giới nhập khẩu do Cục Đăng kiểm Việt Nam cấp.
Đồng thời, cơ quan hải quan sau khi thu đủ các loại thuế theo quy định thì tiến hành giải quyết cho doanh nghiệp đưa xe về địa điểm kiểm tra chất lượng được ghi trong giấy đăng ký kiểm tra chất lượng, an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường xe cơ giới nhập khẩu để kiểm tra chất lượng. Trên tờ khai hải quan phải ghi rõ “hàng chờ kết quả kiểm tra chất lượng” theo hướng dẫn tại Thông tư số 79/2009/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Sau khi đã có kết quả kiểm tra chất lượng, tức có giấy chứng nhận chất lượng, an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường xe cơ giới nhập khẩu, do Cục Đăng kiểm Việt Nam chứng nhận, cơ quan hải quan mới tiến hành đóng dấu “đã làm thủ tục hải quan” trên tờ khai hải quan và ký xác nhận tờ khai nguồn gốc xe ôtô nhập khẩu.
Sở dĩ Tổng cục Hải quan đưa ra các hướng dẫn cụ thể trên là do đến nay nhiều cơ quan hải quan địa phương vẫn có cách hiểu khác nhau tại một số chi tiết quy định trong thông tư liên tịch giữa các bộ Công Thương, Giao thông Vận tải và Tài chính về việc nhập khẩu mặt hàng ôtô chở người dưới 16 chỗ ngồi chưa qua sử dụng. Điều này dẫn đến hiện tượng một số cơ quan hải quan địa phương có cách thực hiện khác nhau dẫn đến một số khúc mắc khi làm thủ tục thông quan.