Mặc dù đã lấy ý kiến của nhiều Bộ, ngành, các thành phần kinh tế, các đơn vị trực tiếp tham gia Bộ luật hàng hải với thời gian chuẩn bị là 7 năm song hiện tại dự thảo Bộ luật vẫn còn gây nhiều vấn đề tranh cãi xung quanh 7 vấn đề là: Quyền ưu tiên vận tải nội địa; tuổi lao động của thuyền viên; cơ quan quản lý Nhà nước về hàng hải tại Cảng biển; tổ chức hoa tiêu hàng hải; giới hạn trách nhiệm dân sự của chủ tàu và những hành vi bị nghiêm cấm; quản lý Nhà nước về hàng hải; cầm cố và thế chấp tàu biển.