Trong 2 ngày 2,3/12/2004, Bộ Giao thông vận tải tổ chức Hội nghị khoa học và công nghệ giai đoạn 1999-2004 nhằm đánh giá tổng kết công tác nghiên cứu và ứng dụng khoa học công nghệ vào lĩnh vực giao thông vận tải.
Tại Hội nghị, VR đã đóng góp 3 báo cáo khoa học: Công tác xây dựng tiêu chuẩn, nghiên cứu ứng dụng tiến bộ khoa học công nghệ trong lĩnh vực đăng kiểm phương tiện giao thông vận tải; Đầu tư và ứng dụng các công nghệ kiểm định tiên tiến - giải pháp hữu hiệu để nâng cao chất lượng kiểm định; Phần mềm trợ giúp xét duyệt thiết kế tàu thủy. VR vinh dự là 1 trong 7 đơn vị trong toàn ngành được nhận cờ Đơn vị xuất sắc trong công tác nghiên cứu khoa học giai đoạn 1999-2004 do Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải trao. Ngoài ra 3 đơn vị và 2 cá nhân của VR cũng được nhận bằng khen của Bộ vì những thành tích khoa học công nghệ trong giai đoạn trên.