Ngày 9 tháng 8 năm 2006, Cục Đăng kiểm Việt Nam và Cục Cảnh sát giao thông đường thủy nội địa (CSGTĐT) ký văn bản về "kế hoạch kiểm tra, xử lý các phương tiện thủy nội địa vi phạm các quy định về an toàn kỹ thuật ". Đợt kiểm tra này bắt đầu được thực hiện trên toàn quốc từ này 1-9-2006 đến ngày 30-10-2006. Nội dung kiểm tra tập trung vào việc phát hiện và xử phạt các hành vi vi phạm về đăng kiểm phương tiện quy định tại NĐ 09/2005/NĐ-CP; tăng cường kiểm tra xử lý các phương tiện chở khách, chở xăng dầu, chở hàng nguy hiểm.
Trách nhiệm của các đơn vị đăng kiểm trong đợt kiểm tra này là chủ trì phối hợp với cảnh sát giao thông đường thủy kiểm tra an toàn kỹ thuật (ATKT) và tổ chức xử lý các phương tiện vi phạm về an toàn kỹ thuật. Tùy từng trường hợp cụ thể và mức độ vi phạm, cơ quan đăng kiểm xác định cụ thể và cùng CSGTĐT yêu cầu chủ phương tiện, hướng dẫn, giám sát việc khắc phục vi phạm; kiểm tra, cấp giấy chứng nhận ATKT và bảo vệ môi trường trong trường hợp Giấy chứng nhận hết hiệu lực hoặc phương tiện chưa đăng kiểm.